（1）质粒拷贝数：载体因拷贝数差异会造成质粒产量明显的波动。高拷贝数的载体常有2-3倍的产量波动，(每毫升培养过夜的菌液，高拷贝数的质粒载体产量为3-16 μg)。长片段质粒和表达型载体常以中低拷贝数为主，每毫升菌液的产量约为0.5~2 μg。

◇低拷贝质粒：pBR322, pACYC 及其衍生载体，pSC101 及其衍生载体，SuperCos, pWE15；

◇高拷贝质粒：pTZ, pUC, pBS, pGM-T；

（2）菌种问题：菌种保存过程中存在质粒丢失现象，培养细菌前最好先划线活化，以稳定产量。

（3） 细菌未充分裂解：细菌须在Buffer RES/RNase A 中充分重悬，成团的细菌因无法裂解会降低产量。

（4） 试剂准备有误：Buffer LYS、Buffer NEU有沉淀析出，需37℃水浴几分钟至清亮方可使用（请勿剧烈晃动Buffer LYS）；Endo-Free Buffer PW1加入乙醇体积不准确(使用前应按照试剂瓶标签的说明在Endo-Free Buffer PW1中加入无水乙醇)。

（5）实验操作不当：在异丙醇沉淀步骤中，由于形成的玻璃状DNA沉淀往往不易观察且松散附着于管壁，极易在后续操作中丢失。建议实验人员严格遵循本产品的《产品说明书》的标准流程进行实验操作。

（5）将Buffer ELU预热至65℃，并重复二次洗脱。

（6）培养时间过长或在 2-8℃保存时间过长会明显降低产量，建议使用新鲜的菌液。

（7）对于难处理的DNA沉淀，可尝试降低离心速度或改用预冷70%乙醇进行轻柔洗涤等优化措施。