1) 投入量过多或过少。解决办法：增加投入量，组织请勿超过20 mg，细胞请勿超过5× 10⁶个，过量的样本投入量反而会降低得率和纯度。

2) 样本保存不当。解决办法：内源性RNase、反复冻融或保存温度不合适，导致RNA降解，应采用新鲜或-80℃未冻融的样本。

3) 样本处理不当，组织研磨或匀浆不充分。解决办法：增加样本研磨或匀浆时间；加大裂解液体积和裂解时间。

4) 结合环境不够。解决办法：增加结合时乙醇用量，快速法可从0.5倍无水乙醇最高增加到1倍无水乙醇，常规法1倍70%乙醇最高增加到2倍70%乙醇。

5) 乙醇残留。解决办法：进行空离2 min，将吸附柱置于室温数分钟以彻底晾干，小心从收集管上取下吸附柱，避免接触乙醇。

6) 洗脱不充分。解决办法：可将洗脱液在65℃提前预热，滴加至吸附膜中间部位后，室温静置2 - 5 min；或者离心后进行二次洗脱。