针对低拷贝或大质粒(>10 kb)的提取，建议采取以下优化措施：可适当增加菌体培养体积，但需确保单管处理量不超过5×10⁷个酵母细胞，同时按照比例增加Buffer P1、Buffer P2、Buffer N3的用量保证菌体可以被完全裂解，若超量需分多管处理，洗脱缓冲液Buffer EB应在65℃-70 ℃水浴锅预热，同时在吸附和洗脱时可以适当地延长时间，以增加提取效率。对于>10 kb的大质粒，裂解混匀操作需格外轻柔以防DNA剪切。