（1）质粒拷贝数：载体因拷贝数差异会造成质粒产量明显的波动。高拷贝数的载体常有2-3倍的产量波动，（每毫升培养过夜的菌液，高拷贝数的质粒载体产量为3-16 μg）。长片段质粒和表达型载体常以中低拷贝数为主，每毫升菌液的产量约为0.5~2 μg。

◇低拷贝质粒：pBR322, pACYC 及其衍生载体，pSC101 及其衍生载体，SuperCos, pWE15；

◇高拷贝质粒：pTZ, pUC, pBS, pGM-T；

（2）菌种问题：菌种保存过程中存在质粒丢失现象，培养细菌前最好先划线活化，以稳定产量；

（3） 细菌未充分裂解：细菌须在Buffer P1/RNase A 中充分重悬，成团的细菌因无法裂解会降低产量；

（4） 试剂准备有误：Buffer P2、Buffer E3有沉淀析出，需37℃水浴几分钟至清亮方可使用（请勿剧烈晃动Buffer P2）；Buffer PW加入乙醇体积不准确（使用前应按照试剂瓶标签的说明在Buffer PW中加入无水乙醇）；

（5）将Endo-Free Buffer EB预热至65℃-70 ℃，并重复二次洗脱；

（6）培养时间过长或在 2-8℃保存时间过长会明显降低产量，建议使用新鲜的菌液。