(1) 琼脂糖凝胶未完全溶化：尽可能去除不含目的片段的琼脂糖，溶胶过程间隔性的摇晃促进凝胶充分溶化，仔细检查确保无固体琼脂糖残留；

(2) 回收片段过小：若回收小于300 bp DNA片段时，可在溶胶后加入1/2倍凝胶体积的异丙醇，混匀后再按后续步骤进行操作；

(3) 试剂准备有误：Buffer PW第一次使用前需按试剂瓶标签的说明加入相应的无水乙醇；

(4) 洗脱效率低：洗脱体积请勿低于30 μL；可将第一次离心的洗脱液重新加至吸附柱中，室温静置2分钟后再次离心；此外若回收的DNA片段大于10 kb，可预先将Buffer EB在50℃水浴中预热；