每次实验应至少包括：

①实验组：正常操作处理；

②阳性对照组：使用试剂盒提供的DNase I进行处理；

③阴性对照组：使用ddH₂O替代TdT Enzyme进行处理。

阳性对照 (DNase I 处理)：用于验证本次实验操作和试剂盒有效性。如果阳性对照无信号，则表明实验体系或操作有问题；

阴性对照 (ddH₂O处理)：用于排除非特异性染色和细胞自发荧光，是判断背景高低和设置拍摄参数的基准。

①有些细胞，比如平滑肌核酸酶或聚合酶活性水平较高，使得DNA全部被切断，易导致假阳性。建议:取出细胞后要立即固定并充分固定，以阻止这些酶的活性，同时设置阴性对照；

②固定液浓度过高或过低，导致中心部分细胞固定效果不佳，而使得中心部细胞自溶、DNA链出现不规则断裂，产生假阳性。建议:推荐使用4%多聚甲醛；

③TdT酶反应时间过长或Tunel反应过程中反应液发生蒸发或渗漏，细胞表面不能保持湿润注意控制反应时间，并确保TdT酶反应液能很好地覆盖样品；

④有些试剂或细胞存在自发荧光，选择染料时要避开自发荧光的颜色。

①固定不充分。固定液首选4%多聚甲醛，现用现配。不建议使用乙醇,乙醇固定液的渗透力较弱，影响TUNEL标记效率；

②通透不充分，TdT酶未能到达核内，可适当增加通透时间。或通透过度，标准通透条件（0.4% Triton X-100）如导致过度通透，细胞可用0.2% Triton X-100溶液通透5-30 min，不同的细胞所需要的通透时间略有不同，适当调整；

③延长标记时间至2h,并适当增加TdT酶及dUTP的用量；

④确定实验对象细胞有凋亡。准备一份DNase l处理的阳性对照,验证TdT酶反应是否正确进行。

①乙醇、甲醇或甲醛(市面上购买的甲醛大多含有甲醇) 固定的样品标记效率较低(因为在固定时染色质未能与蛋白质交联，而在操作中丢失)，采用推荐的固定液；

②固定时间过长,导致交联程度过高,减少固定时间；

③贴壁细胞如果使用药物诱导凋亡,会细胞皱缩,贴壁黏附力降低,导致凋亡细胞容易脱落。建议:在凋亡诱导结束后，可以对多孔板进行1000 g离心5 min，然后再吸出培养基并用PBS洗涤。如果没有适合的离心机，请注意操作轻缓，防止发生凋亡的细胞在洗涤时被洗去。后续整个操作也需要轻缓。

①支原体污染:可以使用支原体染色检测试剂盒验证；

②TdT酶反应时间过长,可以用试剂盒提供的TdT酶稀释液将TdT酶稀释2-5倍后再按照说明书操作,稀释后的TdT酶仅供当日使用；

③处于高速分裂和增殖状态中的细胞,有时也会出现细胞核中的DNA 断裂。建议: 在非高增殖期取样检测；

④有些试剂或细胞存在自发荧光,选择染料时要避开自发荧光的颜色；

⑤DAB 孵育时间过长，减少DAB 染色时间；

⑥Biotin-X-dUTP 的非特异性结合，在TdT酶反应之后，再用含0.1% Triton X-100 和1 mg/mlBSA 的PBS 洗三次。

可在TUNEL反应结束后对细胞核进行染色。

Annexin V法检测凋亡早期因膜不对称性丧失而外翻的磷脂酰丝氨酸，可与PI联用，通过流式细胞术实现早期与晚期凋亡的定量区分；TUNEL法则检测凋亡晚期产生的DNA断裂片段，适用于组织切片等样本的原位细胞观测。