康为全质粒测序一致性准确率≥99.99%。具体是通过对单个样本进行至少30次测序，一次测序获得的一个序列为一个reads，单个reads的测序准确率为99%，通过多次测序，提高准确率，达到单个样本测序准确率≥99.99%的标准。针对质粒样本类型，可能会存在一定的局限性：
(1) 长于9个的Poly尾结构准确度会降低；
(2) GATC回文结构，在原核生物中A容易被甲基化（Dam甲基化），导致碱基识别有误，可能会测成GATT、AATC或者其他杂合的情况。目前GATC甲基化位点已进行针对性优化矫正，可避免杂合干扰。