DNA在下游应用中表现不佳通常由以下原因导致：

1. 洗脱液中DNA含量极低。解决办法：请参考前文A2部分的解决方案。

2. 洗脱液中存在磁珠残留。解决办法：微量磁珠残留通常不影响实验结果。如需进一步去除，可将含有洗脱液的离心管试管置于磁力架上吸附后，小心转移上清至新管。

3. 存在盐离子残留。解决办法：严格按顺序添加Buffer EB和Buffer TB，并确保洗涤步骤中彻底去除Buffer DW。必要时可用细尖移液枪头吸尽残留液体 。

4. DNA用量过多影响下游实验。解决办法：过量DNA可能抑制酶反应，建议使用分光光度计在260nm处测定DNA浓度，精确控制使用量。

5. 组织来源DNA发生降解。解决办法：样本量过大可能导致裂解不充分，使内源DNA酶未被完全灭活，建议减少起始样本量。