通常，亚硫酸氢盐转化的DNA需要35至40个循环才能成功进行PCR扩增，最佳扩增子大小应在150-300 b p之间，但是通过优化PCR条件可以生成更大的扩增子（高达1 kb），55-60℃之间的退火温度通常效果良好。由于大多数非甲基化胞嘧啶残基会转化为尿嘧啶，因此亚硫酸氢盐处理的DNA通常富含 AT，也正因为这样，非特异性 PCR 扩增也会相对常见，强烈建议使用“热启动”聚合酶进行亚硫酸氢盐处理后DNA 的PCR扩增。

注：康为世纪CW3332：FastStar Probe Kit (for bisDNA) 主要应用于以亚硫酸氢盐处理的DNA为模板的探针法荧光定量PCR。其中的SuperFastStar DNA Polymerase是一种经双单克隆抗体修饰的、全新高效热启动酶。