对基因组DNA进行亚硫酸氢盐处理后，因为非甲基化的胞嘧啶残基转化为尿嘧啶，所以原始碱基配对不再存在，回收的DNA通常富含A、U和T，并且在室温下为单链，具有有限的非特异性碱基配对。260 nm处的吸收系数与RNA的吸收系数相似。当纯化后的基因组DNA OD260为1时，相当于约40 μg/mL的核酸浓度。